Categories
código artigos

Converter vídeo para GIF animado

Algo que comecei a fazer com mais frequência é converter vídeos de embriões se desenvolvendo ou de animais marinhos para GIFs animados. Mas como fazer a conversão sem perder a qualidade? Bastante tempo atrás encontrei este guia para converter vídeos em GIFs animados de alta qualidade usando a ferramenta FFmpeg. O truque é gerar uma […]

Categories
biologia artigos código

Gene Fetcher tool no Zim Desktop Wiki

Uso o Zim Desktop Wiki como caderno de anotações faz algum tempo. Ele salva as notas como arquivo texto com marcação wiki, permitindo que eu acesse o conteúdo diretamente com outros editores e facilitando o backup (e.g., pasta de notas sincronizada no Dropbox). Comecei a mexer com genes no doutorado e estava guardando as sequências […]

Categories
artigos código

Redimensione imagens com o mogrify

Pequeno bash script com o mogrify para redimensionar e adicionar marca d’água em várias imagens (jpg, no caso) numa tacada só. Uso bastante! O script faz backup dos originais em uma nova pasta, redimensiona imagens com largura maior que 640px e insere marca com transparência de 20% no topo esquerdo. As aspas evitam erros caso […]

Categories
artigos código

Shell script para backup usando rsync e ssh em DHCP no Ubuntu

No meu computador mantenho apenas arquivos essenciais para o trabalho da semana/mês e vou estocando tudo em discos rígidos externos progressivamente. Contudo, como eles são meio desorganizados, queria um jeito prático de fazer backup completo dos arquivos diários de trabalho. A solução foi criar um shell script para backup (bash) que fizesse uma cópia exata […]

Categories
artigos código

Quick Set Scale, macro para o ImageJ

Como vocês já devem ter lido por aqui, gosto e uso bastante o ImageJ, um software de processamento de imagens. Uma das tarefas que faço frequentemente é medir “coisas” que estudo. Essas coisas podem ser células, embriões, larvas, seres do plâncton, ou bolachas-do mar adultas. Para fazer as medições você precisa calibrar a foto informando […]