Este é um embrião de briozoário mostrando seu blastóporo. Estes animais são discretos porém quase onipresentes nos mares e lagos do mundo todo. O que vemos é o DNA dentro do núcleo das células desse embrião. O degradê de cores indica se os núcleos estão mais perto (amarelo) ou mais longe (roxo) da câmera do […]
Tag: processamento de imagens
Posts sobre processamento de imagens de microscopia geralmente usando o programa de código aberto ImageJ/Fiji.
Algo que comecei a fazer com mais freqüência é converter vídeos de embriões se desenvolvendo ou de animais marinhos para GIFs animados. Mas como fazer a conversão sem perder a qualidade? Bastante tempo atrás encontrei este guia para converter vídeos em GIFs animados de alta qualidade usando a ferramenta FFmpeg. O truque é gerar uma […]
Um vídeo curto que fiz mostrando o desenvolvimento embrionário da simpática drosófila (a mosquinha da banana) ganhou menção honrosa no concurso de vídeos Small World in Motion. A descrição completa das técnicas e o vídeo em qualidade original estão disponíveis para baixar e re-usar na Wikimedia Commons.
Sensacional! Animação mostrando o desenvolvimento de uma estrela-do-mar, das primeiras divisões celulares até o adulto: A animação foi feita com o Blender. E de quebra tem um poster bacana com um cladograma na areia, ilustrando a filogenia dos equinodermos. Veja o post original. ps: Certa vez tentei criar divisões celulares no Blender. Só pra comparar, compartilho o […]
Os dois comandos do MEncoder são dual pass, ou seja, você tem que rodá-los duas vezes (já explico): Converter para arquivo compatível Windows: Converter para DIVX: Instruções: Seguinte, abra o terminal na pasta do arquivo e copie e cole um dos comandos. Substitua o input.avi pelo nome do seu arquivo (se quiser mude o out.avi […]
Testando os parâmetros do MEncoder para converter sequencias de imagens e vídeos para o formato FLV e AVI. Também testando flvtool2 e FFmpeg para processamento de imagens. Vídeo para FLV usando MEncoder: Vídeo para FLV usando MEncoder (2-pass): Sequencia de imagens PNG para FLV usando MEncoder (2-pass): Resultados Aparência visual da imagem por bitrate: Gráfico […]
Acaba de ser anunciada a segunda conferência dos usuários e desenvolvedores do ImageJ! Será em Luxemburgo nos dias 6 e 7 de Novembro de 2008. O link para o site da conferência segue abaixo: http://imagejconf.tudor.lu/
Como vocês já devem ter lido por aqui, gosto e uso bastante o ImageJ, um software de processamento de imagens. Uma das tarefas que faço frequentemente é medir “coisas” que estudo. Essas coisas podem ser células, embriões, larvas, seres do plâncton, ou bolachas-do mar adultas. Para fazer as medições você precisa calibrar a foto informando […]
Editei um vídeo: As fotos foram tiradas com uma câmera digital convencional apoiada numa caixa, sem tripé. O roteiro não existia, inventamos algo na hora. Sim, as joaninhas podem caminhar dando cambalhotas, todo biólogo já observou este fenômeno. ;-) Peguei as fotos e criei uma stack (pilha/seqüência de imagens) no ImageJ. Rodei o plugin StackReg, […]
A pouquíssimo tempo coloquei um vídeo sobre um novo método de redimensionar imagens digitais sem causar grandes deformações na imagem, o Seam Carving for Content-Aware Image Resizing. Imaginei que iria demorar pra que um programa fosse lançado para uso comum, e… realmente ainda não foi lançado nada. No entanto, Johannes Schindelin acabou de divulgar um […]