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O blastóporo dos embriões de briozoários

Este é um embrião de briozoário mostrando seu blastóporo. Estes animais são discretos porém quase onipresentes nos mares e lagos do mundo todo. O que vemos é o DNA dentro do núcleo das células desse embrião. O degradê de cores indica se os núcleos estão mais perto (amarelo) ou mais longe (roxo) da câmera do […]

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Converter vídeo para GIF animado

Algo que comecei a fazer com mais frequência é converter vídeos de embriões se desenvolvendo ou de animais marinhos para GIFs animados. Mas como fazer a conversão sem perder a qualidade? Bastante tempo atrás encontrei este guia para converter vídeos em GIFs animados de alta qualidade usando a ferramenta FFmpeg. O truque é gerar uma […]

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Embrião de drosófila sob SPIM

Um vídeo curto que fiz mostrando o desenvolvimento embrionário da simpática drosófila (a mosquinha da banana) ganhou menção honrosa no concurso de vídeos Small World in Motion. A descrição completa das técnicas e o vídeo em qualidade original estão disponíveis para baixar e re-usar na Wikimedia Commons.

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Desenvolvimento de uma estrela-do-mar (animação 3D)

Sensacional! Animação mostrando o desenvolvimento de uma estrela-do-mar, das primeiras divisões celulares até o adulto: A animação foi feita com o Blender. E de quebra tem um pôster bacana com um cladograma na areia, ilustrando a filogenia dos equinodermos. Veja o post original. P.S. Certa vez tentei criar divisões celulares no Blender. Só para comparar, compartilho o […]

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Redimensione imagens com o mogrify

Pequeno bash script com o mogrify para redimensionar e adicionar marca d’água em várias imagens (jpg, no caso) numa tacada só. Uso bastante! O script faz backup dos originais em uma nova pasta, redimensiona imagens com largura maior que 640px e insere marca com transparência de 20% no topo esquerdo. As aspas evitam erros caso […]

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Comandos para converter vídeos com o MEncoder

Os dois comandos do MEncoder (MPlayer) são dual pass, ou seja, você tem que rodá-los duas vezes (já explico): Converter para arquivo compatível Windows: Converter para DIVX: Instruções: Seguinte, abra o terminal na pasta do arquivo e copie e cole um dos comandos. Substitua o input.avi pelo nome do seu arquivo (se quiser mude o […]

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Criando FLV com o MEncoder

Testando os parâmetros do MEncoder para converter sequencias de imagens e vídeos para o formato FLV e AVI. Também testando flvtool2 e FFmpeg para processamento de imagens. Vídeo para FLV usando MEncoder: Vídeo para FLV usando MEncoder (2-pass): Sequencia de imagens PNG para FLV usando MEncoder (2-pass): Resultados Aparência visual da imagem por bitrate: Gráfico […]

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Conferência do ImageJ

Acaba de ser anunciada a segunda conferência dos usuários e desenvolvedores do ImageJ! Será em Luxemburgo nos dias 6 e 7 de Novembro de 2008. O link para o site da conferência segue abaixo: http://imagejconf.tudor.lu/

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Quick Set Scale, macro para o ImageJ

Como vocês já devem ter lido por aqui, gosto e uso bastante o ImageJ, um software de processamento de imagens. Uma das tarefas que faço frequentemente é medir “coisas” que estudo. Essas coisas podem ser células, embriões, larvas, seres do plâncton, ou bolachas-do mar adultas. Para fazer as medições você precisa calibrar a foto informando […]

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Juaninhas…

Editei um vídeo sobre juaninhas: As fotos foram tiradas com uma câmera digital convencional apoiada numa caixa, sem tripé. O roteiro não existia, inventamos algo na hora. Sim, as joaninhas podem caminhar dando cambalhotas, todo biólogo já observou este fenômeno. ;-) Peguei as fotos e criei uma stack (pilha/sequência de imagens) no ImageJ. Rodei o […]